- مديرية التشريع والمنازعات والتعاون الدولي وتضم :
  قسم التشريع
  قسم المنازعات
  قسم التعاون الدولي والدراسات
 
  مديرية الوعاء الضريبي والتحقيقات والإحصائيات وتضم:
-  قسم الوعاء الضريبي
-  قسم التحقيقات
-  قسم الإحصائيات والمحاسبة والقيم
 
مديرية نظم المعلومات والبرمجة والمراجعات وتضم :
-  قسم نظام المعلومات
-  قسم برمجة التحقيقات
 
مديرية الموارد والاتصال وتضم :
  -  قسم الموارد البشرية
  -  قسم البرمجة والاتصال
  -  قسم الميزانية والتجهيزات
إلى جانب هذه الهياكل ، هناك قسم التدقيق والتفتيش يرتبط بالمدير العام مباشرة.
  
- المصالح الخارجية: وتضم المديريات الجهوية التالية
  - مديرية الجهوية بأكادير
  - المديرية الجهوية بمراكش
  - المديرية الجهوية بسطات
  - المديرية الجهوية بالدار البيضاء
  - المديرية الجهوية بالرباط
  - المديرية الجهوية بالقنيطرة
  - المديرية الجهوية بطنجة.