تتولى إدارة الجمارك والضرائب غير المباشرة مهمة تطبيق السياسة الجمركية الوطنية وفقا لتوجيهات وزير الاقتصاد و المالية

ويتجسد دورها خاصة في:
بلورة اقتراحات وإعداد دراسات من أجل توضيح الاختيارات الاستراتيجية للحكومة في موضوع السياسة الجمركية،
- دراسة وصياغة مشاريع النصوص التشريعية والتنظيمية الخاصة بالمادة الجمركية،
- دراسة وإعداد والمساهمة في إنجاز مشاريع الاتفاقيات والمعاهدات الدولية التي تهم مجال التدخل الجمركي، والسهر على تطبيق المقتضيات الجمركية الوطنية أو التعاقدية وكذا تتبع علاقات التعاون الدولي الجمركي،
- المساهمة في إعداد الأحكام القانونية والمسطرية واعتماد مساطر جمركية مبسطة تهدف إلى تشجيع الاستثمار والتصدير وكذا اتخاذ تدابير لحماية المواطن،
- وضع وتطبيق التدابير الوقائية ومحاربة الغش الجمركي والسهر على إدخالها حيز التطبيق،
- التكفل بالطعون الإدارية المقدمة من طرف المواطنين في إطار مهمة الوساطة والتحكيم،
- المساهمة مع القطاعات الوزارية المعنية في إعداد وتطبيق القوانين والتنظيمات المتعلقة بالتجارة الخارجية والصرف،
- مساعدة باقي المصالح الأخرى المختصة في وضع التشريعات المتعلقة بحماية المستهلك والموكول تطبيقها إلى المصالح الجمركية،
- تدبير الموارد البشرية التابعة لها والوسائل المادية والاعتمادات المرصودة أو المفوضة لها، ووضع تدابير الأنظمة المعلوماتية الخاصة بها، وذلك بانسجام مع سياسة تدبير الموارد والإعلاميات الموضوعة من طرف الوزارة،
- مواكبة الإصلاحات المتبعة من خلال عمليات التدقيق والتفتيش.

تنتظم إدارة الجمارك والضرائب الغير مباشرة في مصالح مركزية وأخرى خارجية.

المصالح المركزية:
تعتمد في هيكلتها على أربع مديريات، تضم كل واحدة منها عدة أقسام، إضافة إلى قسم مرتبط بالمدير العام مباشرة . هذه المديريات هي:

مديرية الدراسات والتعاون الدولي وتضم:
- قسم للدراسات
- قسم التعاون الدولي.
- قسم تحديد الجبايات.

مديرية التبسيط والمعلوميات وتضم :
- قسم تبسيط المساطر و الاستثمارات.
- قسم المعلوميات.

مديرية الوقاية والمنازعات وتضم :
- قسم الوقاية
- قسم المنازعات

مديرية الموارد والبرمجة وتضم :
- قسم الموارد البشرية
- قسم الميزانية والتجهيزات
- قسم البرمجة والاتصال
وأخيرا هناك قسم للتدقيق والتفتيش مرتبط بالمدير العام مباشرة.

المصالح الخارجية: يعتمد تنظيم المصالح الخارجية حاليا على خمس مديريات جهوية ذات اختصاص ترابي تضم 10 مقاطعات جمركية، مديرية جهوية واحدة ذاتي اختصاص وظيفي بميناء الدار البيضاء، ومقاطعتين جمركيتين ذاتي اختصاص ترابي ملحقتين من الناحية الإدارية بالإدارة المركزية.

المديريات الجهوية ذات الصلاحية الترابية وهي:
- المديرية الجهوية للشمال الغربي؛
- المديرية الجهوية للشمال الشرقي؛
- المديرية الجهوية للوسط؛
- المديرية الجهوية للدار البيضاء؛
- المديرية الجهوية للوسط الجنوبي.

المديرية الجهوية ذات الاختصاص الوظيفي وتضم :
- نيابة المديرية الجهوية المكلفة بالواردات؛
نيابة المديرية الجهوية المكلفة بالصادرات والأنظمة الاقتصادية.

المقاطعات الجمركية التابعة للإدارة المركزية :
المقاطعة الجمركية بأكادير؛
المقاطعة الجمركية بالعيون.

تضم إدارة الجمارك والضرائب الغير مباشرة 4567إطارا وعونا، 587 منهم يمارسون بالإدارة المركزية و 3980 يمارسون بالمصالح الخارجية، بمعدل تأطير يصل إلى 38.82% ، ومعدل تمثيل نسوي يصل ل 16.27%